ААЦ после правления католикоса Езра I Паражнакертци находилась в двойственном положении. Церковный Собор при Езре в Феодосиополе (Карин, ныне Эрзурум, Турция) в 633 (или в кон. 631) г. объявил об отказе армян от осуждения Халкидонского Собора и о переходе в общение с православными. Однако значительная часть армян выступила против этого, и утвердить церковную унию с К-полем не удавалось. Н. С. поддерживал союз с Византией и стал посредником между визант. властями и разобщенными арм. князьями. Так, в 644 г. он поддержал назначение арм. кн. Феодора Рштуни визант. главнокомандующим на Востоке и способствовал его признанию др. арм. князьями. Вскоре Феодор Рштуни и Н. С. добились от имп. Константа возвращения в Армению сосланных в 638 г. имп. Ираклием князей Вараза-Тироца, сына Смбата Багратуни, и Ваана Хорхоруни.
В период католикосата Н. С. были созваны 5-й (648 или 644) и 6-й (648) Двинские Соборы Армянской Апостольской Церкви. На Соборе 645 г. были приняты 12 канонов, вошедших в состав арм. «Книги Канонов». На Соборе 648 г. составлено Исповедание веры с объяснением позиции армян и осуждением Халкидона. Вместе с тем армяне подтверждали свое признание Византийской империи как единой христ. державы. Соборное послание было направлено имп. Константу II (Там же. Главы 33-34).
Продолжавшиеся распри между группировками князей ослабляли сопротивление армян арабам. В 647 г. араб. войско во главе с эмиром Хабибом ибн Масламой вторглось в Армению и 6 окт. захватило Двин, крупнейшую крепость страны, где находилась резиденция Н. С. В эти же годы нек-рые арм. князья вступили в переговоры с араб. наместником Сирии Муавией. Фактически союз с Византией оказался на грани разрыва. В 652 г. визант. армия во главе с имп. Константом двинулась в Армению. Дойдя до Феодосиополя, император начал принимать в своем лагере арм. князей, выражавших ему свою верность. Среди них был и Н. С., приехавший из Двина. Нек-рые из представителей арм. знати, вступившие в контакты с мусульманами, были отстранены от власти, однако Феодор Рштуни сохранил доверие императора. Н. С. вновь выступил как посредник и миротворец, уговорив имп. Константа отказаться от карательных мер в тех княжествах, к-рые ранее были готовы заключить союз с арабами (в основном в Вост. Армении). Н. С. принял имп. Константа во дворце в Двине. Констант вновь поднял вопрос о церковной унии. Для ее достижения император потребовал возвращения ААЦ к Феодосиопольскому (Каринскому) соглашению, заключенному католикосом Езрой I. В одно из воскресений по распоряжению имп. Константа в Двине была отслужена литургия по визант. обряду, на к-рой приняли причастие император и арм. епископы во главе с Н. С. (Там же. Гл. 35).
Позиция Н. С., как сторонника союза с Византией, привела к его разрыву с партией Феодора Рштуни. Вслед за уехавшим в К-поль имп. Константом Н. С. был вынужден покинуть Двин и недолго жил в К-поле в 653 г. Надежды Н. С. на поддержку имп. Константа не оправдались, и он переехал в Тайк, где большинство населения исповедовало халкидонское православие. Н. С. жил как отшельник в родной дер. Ишхан (ок. 653-659). Этот период жизни и деятельности Н. С., когда он возрождал и развивал монашеское движение не только в Тайке, но и по всему Закавказью, в большей степени отражен в груз. источниках. В IV-VII вв. приграничный с Грузией Тайк являлся владением княжеского дома Мамиконянов. До IX в. здесь в основном жили монахи армяне-халкидониты, бежавшие от репрессий из Центр. и Вост. Армении. Благодаря организаторским способностям, толерантному характеру, увлеченности монашеской аскезой Н. С. построил здесь неск. храмов - 1-м был кафедральный собор католикоса Ишхан, названный в честь его родной деревни. Сведения об этом сохранились у груз. писателя X в. Георгия Мерчуле, автора Жития прп. Григория Хандзтийского. Н. С. был тесно связан и с груз. духовенством Тайка, о чем свидетельствуют и отношение груз. авторов к нему, и его причисление к лику святых в ГПЦ.
Вост. Армения во главе с Феодором Рштуни вступила в союз с арабами. Зап. районы страны, оставшиеся верными Византии, возглавил Мавриан. В ходе войны вместе с арабами и византийцами на обеих враждовавших сторонах участвовали арм. княжества. В 654 г. Зап. Армения была разгромлена. Ок. 659 г., после смерти Феодора Рштуни (658), Н. С. как католикос возвратился в Центр. Армению, в Вагаршапат. В Двине в 660 г. он участвовал в съезде князей, на к-ром арм. княжества признали свою зависимость от мусульман.
Н. С. покровительствовал строительству храмов в Армении. В 40-х гг. VII в. им был возведен храмовый комплекс Звартноц близ Вагаршапата, куда Н. С., вероятно, предполагал перенести свою резиденцию. Храм был освящен в 652 г. в присутствии имп. Константа II, который выразил желание построить подобный храм в К-поле. Вспомогательные постройки при храме возводились в конце правления Н. С. (ок. 660). Надпись, сделанная при Н. С. по-гречески, сохранилась среди уцелевших деталей Звартноца. Кроме строительства новых церквей были реконструированы Сурб-Саркис (св. Сергия) в Двине, мон-рь Дзораванк в обл. Васпуракан. Ок. 642 г. Н. С. заложил церковь в Хор-Вирапе, на месте, где, по преданию, томился в заточении свт. Григорий Просветитель, С именем Н. С. также связано утверждение в 653 г. одного из наиболее важных арм. праздников - Явления Креста на горе Вараг, где после обнаружения частицы Животворящего Древа Креста Н. С. построил ц. Св. Креста.
Н. С. похоронен в сев. части территории храма Звартноц, в могиле, к-рая была определена для него еще при жизни.
Н. С. почитается в ГПЦ как свт. Нерсе Ишхнели (груз. ნერსე იშხნელი), строитель кафоликона мон-ря Ишхани, в Кларджетских преподобных отцов и жен Соборе (пам. груз. 5 окт.). Несмотря на то что средневек. груз. авторы с пиететом отзываются о нем и это могло бы указывать на его почитание уже в древности, в древних грузинских календарях его имя отсутствует. В сер. XX в. Н. С. в числе др. святых, чья деятельность была связана с Кларджетской пуст., был занесен (возможно, повторно) в Месяцеслов ГПЦ с общим днем почитания с др. Кларджетскими святыми.
Сведения о Н. С. сохранились в неск. груз. средневек. источниках: в Житии прп. Григория Хандзтийского (Ханцтели), созданном прп. Георгием Мерчуле, в Мученичестве Давида и Тиричана и в соч. свт. Арсения Сапарского (Сапарели) «О разделении Грузии и Армении». В них Н. С. назван «блаженным католикосом» (Георгий Мерчул. 1911. С. 107; Он же. Житие св. Григола Ханцтели // ПДГАЛ. 1963. Т. 1. С. 274), «блаженным и великим», «святым отцом» (Мученичество Давида и Тиричана // ПДГАЛ. 1963. Т. 1. С. 190-191; То же // Абуладзе. 1944. С. 183), «мужем достопочтенным и правоверным» (Арсени Сапарели. 1980. С. 92). В сочинении свт. Арсения Сапарели Н. С. назван Ишхнели (т. е. происходивший из Ишхани), представлен как ревностный поборник дифизитства: в источнике рассказывается, как он причащался вместе с визант. имп. Константом II, с позором изгнал из Армении арм. философа Ованнеса Майраванеци, противостоявшего халкидонскому вероисповеданию (Там же). В Житии прп. Григория Хандзтийского говорится о том, что Н. С. воздвиг «славный» храм Ишхани. Ученые датируют строительство Ишханского тетраконха (сохр. частично) 50-ми гг. VII в.- временем, когда изгнанный из Армении Н. С. скрывался в грузинской пров. Тао (арм. Тайк), в тот период входившей в состав Византии (Джобадзе. 2007. С. 217-221). В нач. IX в. Ишхани был обновлен и стал кафедрой Ишханской епархии ГПЦ (Георгий Мерчул. 1911. С. 107; Он же. Житие св. Григола Ханцтели // ПДГАЛ. 1963. Т. 1. С. 274). Н. С. также построил ц. во имя Пресв. Богородицы в Валаршаване (ныне Пасинлер, иль Эрзурум, Турция), к-рая в X в. стала кафедрой Валашкертской епархии ГПЦ (Адонц. 1971. С. 24). Во время пребывания Н. С. в Тао язычник Тевдос замучил своих племянников - отроков Давида и Тиричана. Н. С. обратил Тевдоса в христианство и определил место захоронения мучеников (Абуладзе. 1944. С. 183-184).